Kamakailan, natuklasan ko ang isang kamangha-manghang bagay!Maraming mga advanced na propesyonal sa eksperimento sa paligid niya ay hindi kahit na alam ang ilang mga napaka-basic na pang-eksperimentong mga punto ng kaalaman.

Halimbawa, masasagot mo ba ang mga sumusunod na tanong?

Mayroon bang pagkakaiba sa pagitan ng OD260 at A260?Ano ang ibig sabihin ng bawat isa?
Ang OD ay ang pagdadaglat ng optical density (optical density), ang A ay ang pagdadaglat ng absorbance (absorbance), ang dalawang konsepto ay aktwal na pareho, ang "optical density" ay "absorbance", ngunit ang "optical density" ay naaayon sa karamihan ng mga pambansang pamantayan at mas standardized.

Karaniwan naming sinusukat ang halaga ng OD sa 260nm upang kalkulahin ang konsentrasyon ng nucleic acid, kaya ano ang kinakatawan ng 1OD?
Ang nucleic acid ay may pinakamataas na absorption peak sa wavelength na 260nm, na naglalaman ng parehong DNA at RNA, pati na rin ang mga fragmented nucleic acid fragment (ito ang pangunahing punto).
Ang halaga ng OD na sinusukat sa isang wavelength na 260 nm ay naitala bilang OD260.Kung ang sample ay puro, ang OD260 value ay maaaring kalkulahin ang konsentrasyon ng nucleic acid sample.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (double-stranded DNA)
=37 μg/ml ssDNA (single-stranded DNA)
=40 μg/ml RNA
=30 μg/ml dNTPs (oligonucleotides)
Mayroon bang anumang koneksyon at pagkakaiba sa pagitan ng RT-PCR, Realtime-PCR at QPCR?
Ang RT-PCR ay maikli para sa Reverse Transcription PCR
Real Time PCR=qPCR, maikli para sa Quantitative Real Time PCR
Bagama't ang Real Time PCR (real-time fluorescent quantitative PCR) at Reverse Transcription PCR (reverse transcription PCR) ay parehong mukhang dinaglat bilang RT-PCR.Ngunit ang internasyonal na kombensiyon ay: Ang RT-PCR ay partikular na tumutukoy sa reverse transcription PCR.

Ano ang karaniwang ginagamit na nt, bp, at kb para ilarawan ang haba ng DNA/RNA sa biology?
nt = nucleotide
bp = base pair base pair
kb = kilobase

Siyempre, masasabi mong maraming tao ang walang pakialam sa maliliit na detalyeng ito!Ginagawa ito ng lahat, at walang magtatanong sa iyo kung ano ito.Alam mo na ito ay hindi kailangan, tama?

Hindi, Hindi, Hindi, kailangang malaman ito!dahil saan?
Dahil gusto mong mag-post ng artikulo!Kuya!Kung ikaw ay naglalayon para sa graduation o ituloy ang mga nakamit sa siyentipikong pananaliksik, dapat kang umasa sa mga artikulo upang magsalita!

Ang pagkuha ng nucleic acid ay dapat ang pinakasimple at pinakapangunahing eksperimento.Direktang tinutukoy ng kalidad ng pagkuha ng nucleic acid ang mga resulta ng mga kasunod na eksperimento.

Kahit ilang beses ko na itong sinabi, marami pa ring kaibigan ang walang pakialam.Sa pagkakataong ito ay nagpasiya akong umalis sa artikulo!

Minimum na Impormasyon para sa Paglalathala ng Dami ng Real-Time na Mga Eksperimento sa PCR, na tinutukoy bilang MIQE, ay isang hanay ng mga alituntunin ng fluorescence quantitative experiment na inilunsad sa buong mundo, na nagmumungkahi ng mga minimum na pamantayan para sa pang-eksperimentong impormasyon na kinakailangan para sa pagsusuri ng fluorescence quantitative na mga eksperimento sa PCR at pag-publish ng mga artikulo.Sa pamamagitan ng mga pang-eksperimentong kundisyon at mga pamamaraan ng pagsusuri na ibinigay ng eksperimento, mas masusuri ng mga tagasuri ang bisa ng eksperimentong pamamaraan ng mananaliksik.

Makikita na sa seksyon ng pagkuha ng nucleic acid, ang mga sumusunod na item sa pagtuklas ay iminungkahi,

Ang "E" ay nagpapahiwatig ng impormasyon na dapat ibigay at ang "D" ay nagpapahiwatig ng impormasyon na dapat ibigay kung kinakailangan.

Ang form ay napaka-kumplikado, sa katunayan, gusto kong sabihin na ang lahat ay kailangang magsimula mula sa

kadalisayan (D), ani (D), integridad (E) at pagkakapare-pareho (E) upang suriin ang mga Nucleic acid sa apat na aspetong ito.

Ayon sa mga pang-eksperimentong gawi, pag-usapan muna ang mga pamamaraan ng pagsusuri ng kadalisayan at konsentrasyon.

Ang pagsukat ng OD ay ang paborito at pinakamadaling paraan ng pagtuklas para sa mga eksperimento.Tungkol naman sa prinsipyo, hindi ko na idedetalye dito.Maraming mga laboratoryo ngayon ang gumagamit ng ultra-micro spectrophotometers upang direktang masuri ang dami ng mga sample ng nucleic acid.Habang ipinapakita ang halaga ng pagsipsip, direktang ibinibigay ng programa ang halaga ng konsentrasyon (nucleic acid, protina at fluorescent dye) at mga nauugnay na ratio.Para sa pagsusuri ng halaga ng OD, I-save ang larawang ito at magiging maayos ka.

Pangkalahatang listahan ng solusyon sa halaga ng OD

Gayunpaman, may ilang mga caveat na kailangang ilabas nang hiwalay para sa iyo.

(Kung tutuusin, alam kong dapat ikaw ang nag-iipon at maghintay hanggang sa kailanganin mo sila!)

Tandaan 1 Kagamitan

Ang halaga ng OD ay maaapektuhan ng iba't ibang kagamitan.Hangga't ang OD260 ay nasa loob ng isang tiyak na saklaw, ang mga halaga ng OD230 at OD280 ay makabuluhan.Halimbawa, ang absorbance range ng karaniwang Eppendorf D30 sa 260nm ay 0~3A, at ang NanoDrop One ng Thermo ay nasa 260nm.Ang absorbance range ng 0.5~62.5A.

Tandaan 2Reagent ng pagbabanto

Ang halaga ng OD ay maaaring maapektuhan ng pagbabanto ng iba't ibang reagents.Halimbawa, ang OD260/280 na pagbabasa ng purified RNA sa pH7.5 10mM Trisang buffer ay nasa pagitan ng 1.9-2.1, habang nasaneutral na may tubig na solusyonang ratio ay magiging mas mababa, marahil 1.8-2.0 lamang, ngunit hindi ito nangangahulugan na ang kalidad ng RNA ay nagbabago ng Pagkakaiba.

Tandaan 3Mga natitirang sangkap

Ang pagkakaroon ng mga natitirang sangkap ay makakaapekto sa katumpakan ng pagsukat ng konsentrasyon ng nucleic acid, kaya kinakailangan upang maiwasan ang mga protina, phenol, polysaccharide at polyphenol residues sa mga sample ng nucleic acid hangga't maaari.

Gayunpaman, sa katunayan, ang pagkuha sa mga organikong reagents ay isang lumang paraan.Sa mga komersyal na kit, ang epekto ng pagkuha ay maaaring makamit sa pamamagitan ng isang silica-based na adsorption column na sinamahan ng centrifugation, pag-iwas sa mga nakakalason at nakakapinsalang organic reagents na mahirap tanggalin, atbp. Ang problema, tulad ngAng nucleic acid extraction kit ng Foregene, ay hindi gumagamit ng DNase/RNase at mga nakakalason na organic reagents sa buong operasyon, mabilis at ligtas., at angepekto aymabuti(sinasadyang sinabi na kalbo ito, ngunit alam kong gusto mong malaman).

Halimbawa 1: Genomic DNA extraction yield at purity

Ang Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) ay tinatrato ang mga sample ng lupa mula sa iba't ibang mapagkukunan, at ang dami at kadalisayan ng genomic DNA na nakuha ay ipinapakita sa sumusunod na talahanayan:
Halimbawa 2: Tissue RNA extraction yield at purity

Ang Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) ay nagproseso ng iba't ibang sample ng tissue, at ang dami at kadalisayan ng RNA na nakuha ay ipinapakita sa talahanayan sa ibaba (para sa mouse tissue):
Gayunpaman, huwag isipin na tapos ka na sa halaga ng OD.Mayroon ka bang pag-aalaga sa mga pangunahing punto na iginuhit ko para sa iyo sa harap?

Pansinin

Ang mga fragmented nucleic acid molecules ay kakalkulahin din sa absorbance.Ipagpalagay na mayroon kang genomic DNA residues sa RNA, ang iyong OD value ay lalabas na napakataas, ngunit ang aktwal na konsentrasyon ng RNA ay hindi matukoy.Kung ang iyong RNA ay Hindi malinaw kung mayroong degradation, kaya kailangan pa rin namin ng isang komprehensibong paraan ng pagsusuri upang magbigay ng isang mas tumpak na paghatol, iyon ay, ang pagsusuri sa integridad ng nucleic acid na binanggit sa MIQE.